বিএএফ শাহীন কলেজ ঢাকায় ১২টি ক্লাব রয়েছে। ৮ম থেকে দ্বাদশ  শ্রেণির ছাত্রছাত্রীরা এসব ক্লাবের সদস্য হয়ে ক্লাব সংশ্লিষ্ট বিভিন্ন কর্মকাণ্ডে  কিংবা আন্তঃকলেজ লেভেলে বিভিন্ন প্রতিযোগিতায় অংশগ্রহণ করতে পারে। এখানে বিদ্যমান ক্লাবগুলো হচ্ছে ১। বিজ্ঞান ক্লাব, ২। বিজনেস ক্লাব ৩। আইটি ক্লাব ৪। রাইটার্স ক্লাব ৫। কুইজ ক্লাব ৬। ফটোগ্রাফি ক্লাব ৭। গ্রিন থাম্ব ৮। ল্যাংগুয়েজ ক্লাব ৯। কালচারাল ক্লাব ১০। মাউন্টেনিয়ানিং ক্লাব ১১। ডিবেট ক্লাব ১২। গণিত ক্লাব।